home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Info-Mac 11 / Info-Mac_XI_Disc_1.cdr_ / Info-Mac XI Disc 1.cdr / Programs / Science & Math / MitoProt II 1b / MP][ Infos < prev   
Encoding:
Text File  |  1996-10-09  |  5.5 KB  |  144 lines  |  [TEXT/EDIT]
  1. Please, find enclosed a beta release of the new freeware MitoProt II. 
  2. The essentials are:
  3.  
  4.  
  5. Application      MitoProt II
  6. Update           October 1996
  7. Version          1.ß
  8. Description      It supplies a series of parameters that permit 
  9.                    theoretical evaluation on mitochondrial targeting 
  10.                    sequences and the importability. 
  11.                    Finally, it provides the possibility to predict 
  12.                    mitochondrial proteins harbouring targeting 
  13.                    sequences.
  14. Authors          Mac version -> Manuel G. Claros (claros@uma.es)
  15.                  Unix version -> Pierre Vincens (vincens@biologie.ens.fr)
  16. Literature       Claros &  Vincens, Eur J. Biochem. in press
  17.  
  18. Notes            1- MitoProt II is available as a "basic" 
  19.                     application, or as a "rapid" one. The rapid one 
  20.                     needs 68020 processor, or later, and FPU. Both 
  21.                     need system 6.0.2 or later. Older system versions have
  22.                     not been assayed, but perhaps do work well too.
  23.                  2- A version for unix machines is also available without
  24.                     using the graphic cabapilities.
  25.                  3- A mail server is available to test a sequence sending a
  26.                     message with the sequence to mitoprot@biologie.ens.fr
  27.  
  28. MitoProt II has been designed for Macintosh computers, using 
  29. THINK Pascal 4.0.2. For unix machines it has been designed in
  30. ADA95 using the GNat compiler.
  31.  
  32. If someone is interested in making a version compatible with other 
  33. platforms, or translate to other language the texts, they may 
  34. contact us.
  35.  
  36. Although we have done our best to ensure that these softwares are error 
  37. free, we are not responsible for any misfortune you may suffer whatsoever 
  38. caused through the use of MitoProt, be they incidental, consequential or 
  39. otherwise. So, MitoProt is supplied “as is”: it comes without any 
  40. warranties, expressed or implied, of any kind, including fitness for 
  41. purpose and merchantibility. You may find some bugs too, or things 
  42. lacking which should be included. If you have comments, we would like to 
  43. know them, but weI do not guarantee to be able to fix them. You can distribute
  44. the software freely.
  45.  
  46. Permission is hereby granted to anyone to redistribute Mitoprot under
  47. the "Mitoprot" name. We do not grant permission for the resale of Mitoprot,
  48. but we do grant permission for vendors to bundle Mitoprot free with other 
  49. software, or to charge a reasonable price for redistribution, provided 
  50. it is made clear that Mitoprot is free. 
  51.  
  52.  
  53. Macintosh version history.
  54.  
  55. MiroProt II 1.ß (Octobre 96 )
  56. ===================
  57.  
  58. New features:
  59.  
  60. # MitoProt II for macintosh is available in two different versions:
  61.  
  62.   § "MitoProt II" which is the "basic" version, compatible with any kind 
  63.   of macintosh computer with system 6.0.2 or later. It should run on any
  64.   mac but will not be as fast as possible in newer machines.
  65.     
  66.   § "MitoProt II FPU" which is a "rapid" implementation. It needs 
  67.   a macintosh with a 68020 processor or later, containing an FPU.
  68.   This version is significatively faster making all calculations. 
  69.   Specially recommended for working with FOS and extensive predictions.
  70.  
  71. # A Unix version is also available. It does not use the graphic
  72.   capabilities to enable its use even from a dumb terminal. A mail server
  73.   can be asked to.
  74.  
  75. # 'Close' item is now available. It is also able to 'append' the Report 
  76.   window content to another text file.
  77.  
  78. # Several parts such as the internal file handling code, has been rewritten
  79.   to make extensive use of the macintosh toolbox.
  80.  
  81. # By means of the 'Preferences' item, you can customise several aspects 
  82.   of MitoProt calculations and displays. This enables the possibility of 
  83.   install the application in an R/O disk.
  84.   
  85. # The targeting and hydrophobicity calculations have been reorganised in 
  86.   only one menu and some calculations have been split into several 
  87.   menu items in the interest of clarity and coherence.
  88.  
  89. # Now only a confidence level of 95% is used. It is displayed also if 
  90.   the 4 important amino acids are near the expected percentages, using 
  91.   a Xi squared distribution.
  92.  
  93. # The angles for making profiles can be modified by the user. The window
  94.   used for the profile is now the 'Targeting window". The range of values
  95.   for the axes are customised for each sequence.
  96.   
  97. # After the cleavage site determination, the last position is summarised. 
  98.  
  99. # The cleavage site and the targeting zone are plotted in the profile graphic.
  100.  
  101. # The OMH scale has been substituted by the ECS (Eisenberg's Consensus
  102.   Scale) which gives better results.
  103.   
  104. # The plots of targeting and hydrophobic results appear with cut off limits.
  105.  
  106. # The possibility of predicting targeting sequences as well as if the protein
  107.   is mitochondrially imported has been implemented in the menu "Predict". 
  108.   These results can be summarised. This the more important advance of this 
  109.   release.
  110.   
  111. # All the text and dialogs have been built into resources to allow an easy
  112.   translation of MitoProt to any language or permanent modification by the 
  113.   user.
  114.  
  115. # The author apologises for his English :-)
  116.  
  117.  
  118. MitoProt 1.0.1 (January 1996)
  119. =============================
  120.  
  121.  # Fixed an error in the alerts about inconsistancies among the targeting
  122.    parameters
  123.  
  124.  # Fixed a bug in the analysis of the amino acid composition
  125.  
  126.  
  127. MitoProt 1.0 (October 1995)
  128. ===========================
  129.  
  130.  # The author's new address is included.
  131.  
  132.  # Mesohydrophobicity calculations have been modified.
  133.  
  134.  # Hmax has been modified to avoid range overflow.
  135.  
  136.  
  137. MitoProt 1.ß (May 1995), the first release
  138. ==========================================
  139.     
  140.       
  141. Manuel G. Claros
  142. claros@uma.es
  143. claros@cica.es
  144.